Thèses/PhD

Résumé : *Le Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement (LBE) de l'INRA

de Narbonne possède une double expertise ; en écologie microbienne d'une part,

et dans la mise en ¦uvre de procédés innovants de l'échelle laboratoire à

l'échelle industrielle d'autre part. Les micro-organismes sont très largement

responsables des performances épuratoires dans les bioréacteurs de dépollution.

Or, on constate que des procédés biologiques impliquant une faible diversité

microbienne sont soumis à des fluctuations de performance. De même, une taille

minimale de réacteur semble requise pour assurer la robustesse d'un procédé.

L'objectif de ce travail est donc de mieux explorer le lien pouvant exister

entre le volume d'un bioréacteur, la diversité microbienne présente, et la

performence de l'écosystème. La comparaison de plusieurs classes de réacteurs

(aérobie/anaérobie, cellules libres/biofilms) sera réalisée au cours de la

thèse, le but étant toujours de tester environ 6 ordres de grandeur de taille en

parallèle. La diversité microbienne sera évaluée à partir d'empreintes

moléculaires.

 

*Domaines de compétence* : Environnement, Sciences pour l'Ingénieur

 

*Lieu* : Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement, INRA Narbonne

http://www.montpellier.inra.fr/narbonne

 

*Personnes à contacter* :

Jean-Jacques GODON, INRA, LBE, Avenue des Etangs, 11100 Narbonne

godon@supagro.inra.fr Tel : 04 68 42 51 54

Jean-Philippe DELGENES, INRA, LBE, Avenue des Etangs, 11100 Narbonne

delgenes@supagro.inra.fr Tel : 04 68 42 51 51

 

 

*Rationale
*Agricultural intensification is known to greatly influence biodiversity
and multitrophic interactions, but the relative contribution of herbs
and grasses to functional biodiversity is less understood.
In a multidisciplinary approach with plant ecologists, soil ecologists
and phytopathologists, we characterize insect responses to
fertilization, mowing and herb-grass composition in a highly replicated
common-garden experiment. The experiment is laid out as a Latin Square
with 72 plots, each 15x15 m in size.
Management and plant community effects will be characterized by insect
samples, quantification of herbivory and experimental phytometer studies
addressing responses of pollinators, herbivores and predators. (see
Tscharntke et al. 2005, Ecology Letters 8: 857-874; Kruess & Tscharntke
2002, Conservation Biology 16: 1570-1580, Biological Conservation 104:
275-284).

*Requirements
*MSc or Diploma degree in biology or agriculture or related disciplines.
Knowledge in plant-insect interactions and insect communities is desirable.
Interest in independent research.

*Salary and conditions*
Salary is 1100 Euro per month. Start date: as soon as possible (e.g.,
May 1, 2009). The position is for three years.
The doctoral thesis will be done as a series of English manuscripts.

*Applications*
Applicants should send their CV, including a short summary of research
interests, and the names (with email address) of two references to the
addresses given below (per email) as soon as possible.
For further information, please contact
Dr. Christoph Scherber, Agroecology, University of Goettingen, Waldweg
26, D-37073 Goettingen, Tel. +49-551-398807, Fax +49-551-398806,
email: christoph.scherber@agr.uni-goettingen.de and
Prof. Teja Tscharntke (same address), Tel. +49-551-399209,
email: ttschar@gwdg.de

Il est disponible sur le site de l'ED SIBAGHE Montpellier UM2

Les candidats extérieurs à notre ED sont prioritaires sur ce sujet mais doivent avoir d'excellents dossiers.

Merci

Ilhem


*Directeur de thèse *: Ilhem Bentaleb, MC UM2, HDR


*Codirecteur* : Celine Martin, CDD ANR


*Laboratoire d’accueil* : Institut des Sciences de l’Evolution de Montpellier, Equipe paléoenvironnements et paléoclimats


*Discipline/Thématique* : Environnements marins et climats


Ce projet se focalise sur l'effet des changements climatiques sur l’écosystème pélagique de l’Océan Austral en utilisant l’éléphant de mer comme bio-indicateur de son évolution et comme plateforme océanographique pour collecter des données physiques et biologiques de l’environnement marin.


*Description :*


L’Océan Austral abrite une biodiversité remarquable tant par le nombre d’espèces que par leur biomasse. Le dénombrement de ces populations a récemment révélé un déclin de certaines espèces en rapport étroit avec la diminution de la glace de mer en Antarctique, soulignant ainsi l’importance de cet habitat pendant la période hivernale. Cependant, les mécanismes sous-jacents, essentiellement trophiques, restent encore à élucider. Parmi les prédateurs marins austraux, l’éléphant de mer est un modèle particulièrement pertinent pour étudier les conséquences écosystémiques des variations de l’environnement marin, car : 1) leur population à Kerguelen a chuté de moitié dans les années 70-80 pour se stabiliser ensuite, 2) ils se reproduisent sur les îles subantarctiques mais parcourent en hiver de longues distances pour atteindre des sites d’alimentation dont certains sont antarctiques, et 3) d’un point de vue pratique, ils sont relativement faciles d’accès car ils viennent à terre pour se reproduire. Leur suivi satellitaire à Kerguelen a récemment révélé deux principales zones d’alimentation: la zone périantarctique de banquise et la zone polaire frontale, plus au nord. Du succès de ces voyages alimentaires dépend l’accumulation de réserves énergétiques par les femelles qui jeûnent totalement pendant la reproduction. L’importance de ces réserves affecte la masse au sevrage des nouveau-nés et donc leur probabilité de survie. Tous ces paramètres, et de façon ultime les populations d’éléphants de mer, sont donc influencés par les variations environnementales, incluant entre autres, la disponibilité alimentaire hivernale.


*Objectifs* : Entre 1980 et 1990 la population d'éléphants de mer de Kerguelen a baissé de façon dramatique. Une légère amélioration a permis de stabiliser cette population jusqu'en 2001 mais depuis on enregistre à nouveau une détérioration. Les changements climatiques (augmentation de la température, diminution de la glace de mer) modifient-t-il les écosystèmes et par conséquent les ressources alimentaires de ces populations? Nous voulons identifier les causes de la baisse de la biodiversité afin de mieux penser les solutions à envisager pour leur survie. Nous proposons de mieux comprendre les influences 1) des changements climatiques sur l’Océan Austral donc sur la productivité primaire et la chaîne trophique et 2) des stratégies alimentaires sur le succès reproducteur des éléphants de mer (coll. Yves Cherel, C. Guinet) La principale méthode utilisée sera celle des isotopes stables du carbone et de l’azote de la matière organique de la dentine des dents d’éléphants de mer collectées au cours des 60 dernières années.


*Plan de travail :* Dans le but de comprendre pourquoi la population d’éléphants de mer de Kerguelen a baissé de manière importante, et à travers elle quels sont les changements ayant affectés l’écosystème pélagique de l’Océan Austral pendant les 50 dernières années, nous utiliserons la signature isotopique et les éléments traces de tissus à croissance continue (dents) enregistrant et ayant enregistrés l’écologie alimentaire des animaux (« archival tags »).


- Sur des animaux d’aujourd’hui, l’approche sera testée et validée, en particulier pour évaluer le niveau de fidélité des éléphants de mer à une stratégie alimentaire donnée (exploitation des mêmes zones d’alimentation ou non par le même individu d’année en année).


- Ces animaux serviront alors de contrôles pour mieux interpréter les résultats obtenus sur des éléphants de mer conservés dans des musées, ce qui nous permettra de remonter le temps afin d’établir si oui ou non des changements de leurs stratégies alimentaires ont eu lieu pendant les années 70-80 et permettent d’expliquer la baisse de population observée pendant cette période.


1- Photos et Moulage de toutes les archives


2- Ageage des dents : lecture sur lames minces des incréments de croissance des dents (Adobe photoshop ou autre logiciel)


3- Prélèvement au Microdrill de la poudre de dentine pour des isotopes stables du carbone et de l’azote qui nous renseignent respectivement sur les zones d’alimentation et le niveau trophique des prédateurs marins.


4- Interprétation des résultats en terme de migrations, ressources alimentaires, vulnérabilité et changements climatiques.


Missions de terrain possible mais non indispensable à Kerguelen.



*Financement : C*e projet s'inscrit dans le cadre du programme ANR-VMC 2007 IPSOS-SEAL (responsable: C. Guinet) financé par l'ANR pour les années 2008-2011 et projet finacé sur le WP3 resp. I. Bentaleb.


-- 

Ilhem Bentaleb

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Institut des Sciences de l’Evolution - Montpellier (I.S.E.-M.)

Unité Mixte de Recherche UMII - CNRS (UMR 5554)

Université de Montpellier II - CC 064

Equipe Paléoenvironnements et Paléoclimats

34095 MONTPELLIER Cedex 05

Téléphone : +33 (0)4 67 14 49 28

Télécopie : +33 (0)4 67 14 40 44


Institut des Sciences de l'Evolution :

http://www.isem.cnrs.fr/

It is open a candidature for a student scientific research grant within the project "Sustainable management of harvested waterfowl in Portugal", funded by the Area 5d of Fundo Florestal Permanente (Project nº2006.09.001199. 7). The grant is for the realization of field work (waterfowl counting, capture and marking), and data treatment.

Conditions required:

Degree in Forestry or similar areas of Engineering or Biology;

Is necessary car driving licence, personal car, physical robustness for field work realisation, availability for working during the weekends.

Preference conditions are fluency in English language, experience with bird capture and on the use of databases and statistical software analysis (including those of capture/recapture/ recovery data), as also the intention of doing a Master or PhD thesis within the project aims.

Grant period: starting in 01 June of 2009, for 6 months. Grant can be extended until a maximum of 10 additional months (depended on project extending authorisation) .

Grant value: 745EUR monthly.
The candidate selection criteria are:
- project needs covered by the curriculum vitae;
- motivation and autonomy.
Candidatures should include the following documents:
- application letter directed to the project leader (David Rodrigues);
- signed detailed curriculum vitae;
- copies of degrees certificates.
Candidatures are accepted until 17 April 2009
For additional information contact:
David Rodrigues (PhD)
Departamento Florestal
Escola Superior Agrária de Coimbra
3040-316 COIMBRA
PORTUGAL
drodrigues@esac. pt (If you have problems with this e-mail account please send e-mail to djrodrigues@ gmail.com)
Phone: (351) 239 802 285
Fax: (351) 239 802 289; 239 802 979


Information about nasal saddles and ducks is available at

http://pt-ducks.naturlink.pt

un poste d'ASC (attaché scientifique contractuel) vient d'être obtenu à l'INRA Clermont Theix. La thèse sera co-encadrée par Bertrand Dumont de l'unité "Recherche sur les Herbivores" de l'INRA Clermont Theix et par Joel Chadoeuf de l'unité "Biométrie et Statistiques Spatialisées" de l'INRA d'Avignon. La thèse s'intitule Modélisation des trajectoires de bovins au pâturage sur la base d’un processus de Gibbs pour hiérarchiser les facteurs déterminant le choix de leurs sites d’alimentation.

L’objectif de cette thèse est d’analyser in situ et de hiérarchiser l’importance relative des facteurs liés à la structure du couvert, à sa perception et à sa mémorisation par les animaux, et à l’effet des partenaires sociaux dans le déterminisme du choix des sites d’alimentation par des bovins au pâturage. Nous envisageons une approche stochastique via un processus de Gibbs, le choix à chaque instant étant fonction d’un potentiel d’accueil des sites fonction des facteurs précités. La forme même du modèle, les dépendances entre trajectoires du fait des interactions entre animaux et les censures au niveau des données posent des problèmes d’estimation originaux que nous aborderons par ABC (Approximate Bayesian Computation).


Le dossier est a déposé au 21 Avril. Les étudiants qui ne sont pas encore titulaires de leur Master ou de leur diplôme d’ingénieur peuvent candidater et doivent pour cela joindre à leur dossier une demande de dérogation qui se trouve page 9 du fichier dossier-de-candidature_2009.doc. Pour les candidats qui ont obtenu leur diplôme d’ingénieur ou leur Master depuis plus d’un an, ils peuvent également candidater si ce délai n’excède pas 24 mois. Pour cela, ils doivent remplir une dérogation qui se trouve page 8 du même fichier dossier-de-candidature_2009.doc

Pour plus de renseignements:

http://www.inra.fr/les_hommes_et_les_femmes/rejoignez_nous/completer_sa_formation/le_recrutement_de_doctorants/asc

Offre de thèse pour la rentrée 2009

http://bioecologie.over-blog.com/

Bonne journée

Doctorat : Les effets des changements climatiques et des changements d’usages sur les oiseaux d’eau migrateurs : une approche mécanistique chez un oiseau emblématique, la Cigogne blanche.

 

Commentaire : Plusieurs études montrent que les changements globaux affectent la biodiversité, mais les mécanismes à l’origine des phénomènes observés restent mal connus, limitant notre capacité à prédire le devenir des espèces. L’objectif de la thèse est de modéliser l’impact des changements globaux sur la cigogne blanche, espèce à forte valeur patrimoniale, sur les sites de reproduction en Europe et d’hivernage en Afrique, dans le but d’établir des scénarios quantifiés permettant de prédire le futur des populations. La thèse s’appuiera sur des données à long terme (30 ans) d’individus marqués.

 

Profil : Connaissances en écologie des populations et particulièrement en dynamique des populations, compétences en modélisation et statistiques (capture-recapture, modèles linéaires généralisés, modèles matriciels), expérience de terrain et intérêt naturaliste souhaitables.

 

Type de financement : Cofinancement CNRS et Région Poitou Charentes pour une durée de deux ans, renouvelable une année. Montant 1757 € brut mensuel. Prise de fonctions le 1er octobre 2009.

 

Conditions : 1) être titulaire d’un Master Recherche ou d’un diplôme jugé équivalent permettant une inscription dans une école doctorale depuis moins de 2 ans au moment de la prise de fonctions, 2) effectuer le doctorat au Centre d’Etudes Biologiques de Chizé (CNRS, http://www.cebc.cnrs.fr) et dans un école doctorale de la Région Poitou Charentes, 3) s’engager à mener une action citoyenne dans la région.

 

Contact : Envoyer une CV et une lettre de motivation avant le 24 avril 2009 à Christophe Barbraud (barbraud@cebc.cnrs.fr, 05 49 09 96 14), Centre d’Etudes Biologiques de Chizé – CNRS, 79360 Villiers en Bois. (affichage sur https://www2.cnrs.fr/DRH/doctorants-09, offres Institut Ecologie et Environnement).

Une allocation de thèse CNRS est disponible sur la thématique :

Evolution et invasions sur des îles macroévolutives : insectes sur des arbres phylogénétiquement isolés.

(Voir : https://www2.cnrs.fr/DRH/doctorants-09/?pid=4&action=view&id=70)

La thématique en bref : Dans une communauté végétale une plante peut être séparée de ses voisins depuis 200 millions d'années (par ex. un chêne dans une pinède). Pour les phytophages elle représente une « île macro-évolutive» avec beaucoup de caractères particuliers. Est-ce qu'un tel isolement déclenche des processus micro-évolutifs chez les phytophages comme un relâchement de niches, la dérive écologique ou une faible résistance aux invasions écologiques ? L’invasibilité est particulièrement intéressant dans le contexte des espèces ravageurs et de leurs impactes sur l’arbre, donc il y a aussi un fort aspect appliqué : pour protéger des arbres de leurs phytophages est-ce qu’il faut les planter à proximité ou à distance des espèces d’arbres apparentés ?

 

Le candidat idéal aurait une formation en (et un intérêt pour) concepts de l’assemblage des communautés, des interactions plantes/insectes ou de l’interaction entre évolution et écologie à l’échelle inter spécifique. Expérience en statistiques avancés, intérêt pour les insectes et si possible une connaissance de certains groupes. Permis de conduire, pas de vertige (nécessité de grimper aux arbres).

 

Comme probablement tout les autres thèses CNRS, ce financement dépend d’un co-financement, dans ce cas de la Région Bretagne.

 

Les procédures de candidature sont expliquées ici : https://www2.cnrs.fr/DRH/doctorants-09/. A noter : des candidats qui ont fait leur Master en 2008 sont éligible (et bien sure ceux de 2009). Aucune condition de nationalité. La date limite est le 24 avril.

 

Contactez-moi s’il vous plait avant déposer votre candidature – ou si vous avez d’autres questions.

 

Andreas Prinzing

A 3-year PhD position is available to study the ecology of a tri-trophic system that comprises wild and cultivated beans, bruchid beetles and several parasitoid species that attack these beetles.
The PhD is part of a project within the research network "Plant survival" http://www2.unine.ch/nccr/page7654_en.html

Knowledge and experience with molecular techniques is highly desirable.

Qualifications: The candidate is expected to have some experience with insect ecology and should be highly self-motivated and capable of conducting independent field work. A period of 2-4 months per year will be spent conducting field work in Mexico. Some knowledge of the French language would be a plus.

For information on our research group visit:
http://www2.unine.ch/leae/page6121_en_GB.html

Applications should be sent by email to: betty.benrey@unine.ch
Please send with your application a letter of motivation, CV, and names and contact information of at least two persons who can provide references.

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